港澳處分設四科，各科掌理事項如左：

一、第一科： (一) 關於本處施政計畫與預算之編擬及執行情形之管制事項。 (二) 關於港澳會報議事、紀錄及決議之追蹤事項。 (三) 關於香港與澳門地區相關業務會議之召開事項。 (四) 關於港澳月報之編印及分發事項。 (五) 關於不屬本處其他各科及有關統籌性質之綜合事項。

二、第二科： (一) 關於香港與澳門地區民間團體、人士之邀訪及接待事項。 (二) 關於與香港及澳門地區民間團體交流活動之推動事項。 (三) 關於香港與澳門地區大陸政策之宣導事項。 (四) 關於香港與澳門地區同胞來臺定居、就學、投資與其他活動之聯繫 及服務事項。 (五) 關於香港與澳門地區法令規章之彙編事項。

三、第三科： (一) 關於香港與澳門地區政策之研究及規劃事項。 (二) 關於香港與澳門地區有關事務之專案研究及民意調查委辦事項。 (三) 關於與香港及澳門地區學術研究機構之聯繫事項。 (四) 關於香港與澳門地區情勢、資訊之蒐集、研判及編印事項。

四、第四科： (一) 關於香港與澳門地區事務與各機關之協調及聯繫事項。 (二) 關於駐香港與澳門地區機構之協調及聯繫事項。 (三) 關於港澳資訊中心之規劃及管理事項。 (四) 關於處理港澳事務民間團體會務發展之輔導事項。 (五) 關於輔導中華港澳之友協會及中華民國港澳協會之會務發展事項。