企劃處分設四科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
(一) 關於本處施政計畫與預算之編擬及執行情形之管制事項。
(二) 關於各機關及省 (市) 政府推動大陸工作之綜合協調、聯繫事項。
(三) 關於大陸工作人才之培訓事項。
(四) 關於不屬本處其他各科及有關統籌性質之綜合事項。
二、第二科：
(一) 關於本會專案研究及民意調查之綜合研擬、規劃及協調事項。
(二) 關於輿情及民意調查資料之蒐集及分析事項。
(三) 關於輔導國內外學術團體辦理大陸問題之研究及補助事項。
(四) 關於臺灣地區大陸問題研究機構之聯繫事項。
(五) 關於臺灣地區與大陸地區資源利用、開發之綜合規劃事項。
三、第三科：
(一) 關於大陸政策之研究及綜合規劃、協調事項。
(二) 關於大陸情勢資訊之蒐集、研判及出版事項。
(三) 關於各機關大陸工作組織健全方案之研議及推動事項。
(四) 其他有關整體大陸政策之專案規劃事項。
四、第四科：
(一) 關於大陸工作資訊體系之規劃及統籌管理事項。
(二) 關於本會出版品統一管理事項。
(三) 關於大陸問題人才檔之蒐集及整理事項。
(四) 關於大陸相關資訊之蒐集及出版事項。
(五) 關於大陸問題研究資料目錄之編印事項。
(六) 關於與國外大陸問題研究機構之聯繫事項。
(七) 其他有關資料蒐集及出版事項。
文教處分設四科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
(一) 關於本處施政計畫與預算之編擬及執行情形之管制事項。
(二) 關於文教方面大陸事務財團法人之設立許可、監督及補助事項。
(三) 關於文教方面大陸事務財團法人交流活動之審議及輔導事項。
(四) 關於文教會報議事、紀錄及決議之追蹤事項。
(五) 關於不屬本處其他各科及有關統籌性質之綜合事項。
二、第二科：
(一) 關於臺灣地區與大陸地區學術、教育交流之研擬、審議、協調、聯
繫及處理事項。
(二) 關於臺灣地區與大陸地區文化、宗教交流之研擬、審議、協調、聯
繫及處理事項。
(三) 其他有關臺灣地區與大陸地區學術、教育、文化、宗教交流事項。
三、第三科：
(一) 關於臺灣地區與大陸地區科技交流之研擬、審議、協調、聯繫及處
理事項。
(二) 關於臺灣地區與大陸地區體育交流之研擬、審議、協調、聯繫及處
理事項。
(三) 其他有關臺灣地區與大陸地區科技、體育交流事項。
四、第四科：
(一) 關於臺灣地區與大陸地區大眾傳播媒體交流之研擬、審議、協調、
聯繫及處理事項。
(二) 關於臺灣地區與大陸地區出版品交流之研擬、審議、協調、聯繫及
處理事項。
(三) 其他有關臺灣地區與大陸地區大眾傳播媒體及出版品交流事項。
經濟處分設四科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
(一) 關於本處施政計畫與預算之編擬及執行情形之管制事項。
(二) 關於臺灣地區與大陸地區經貿交流業務之研擬、審議、協調、聯繫
及處理事項。
(三) 關於臺商赴大陸地區投資輔導與管理之協調、聯繫及處理事項。
(四) 關於經貿方面大陸事務財團法人之設立許可、監督、輔導及補助事
項。
(五) 關於臺灣地區與大陸地區經貿法規之審議、協調、聯繫及處理事項
。
(六) 關於臺灣地區與大陸地區經貿交流相關資料之蒐集、分析及委託專
案研究事項。
(七) 關於不屬本處其他各科及有關統籌性質之綜合事項。
二、第二科：
(一) 關於臺灣地區與大陸地區農林漁牧、環境保護相關業務之研擬、審
議、協調、聯繫及處理事項。
(二) 關於農林漁牧與環境保護方面大陸事務財團法人之設立許可、監督
、輔導及補助事項。
(三) 關於臺灣地區與大陸地區農林漁牧、環境保護相關法規之審議、協
調、聯繫及處理事項。
(四) 關於臺灣地區與大陸地區農林漁牧、環境保護相關資料之蒐集、分
析及委託專案研究事項。
(五) 關於臺灣地區與大陸地區海上漁事糾紛涉案至大陸地區與海外地區
業務之協調、聯繫及處理事項。
三、第三科：
(一) 關於臺灣地區與大陸地區財稅、金融、保險與證券相關業務之研擬
、審議、協調、聯繫及處理事項。
(二) 關於財稅、金融、保險與證券方面大陸事務財團法人之設立許可、
監督、輔導及補助事項。
(三) 關於臺灣地區與大陸地區財稅、金融、保險與證券相關資料之蒐集
、分析及委託專案研究事項。
(四) 關於臺灣地區與大陸地區貨物進出口通關與關稅業務之規劃及協調
事項。
(五) 關於臺灣地區與大陸地區經濟統計報告之編撰與分析事項。
四、第四科：
(一) 關於臺灣地區與大陸地區交通、郵電、探親、旅行相關業務之研擬
、審議、協調、聯繫及處理事項。
(二) 關於交通與旅行方面大陸事務財團法人之設立許可、監督、輔導及
補助事項。
(三) 關於臺灣地區與大陸地區交通、郵電、探親與旅行相關資料之蒐集
、分析及委託專案研究事項。
法政處分設五科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
(一) 關於本處施政計畫與預算之編擬及執行情形之管制事項。
(二) 關於臺灣地區與大陸地區衛生業務之研擬、審議、協調、聯繫及處
理事項。
(三) 關於臺灣地區與大陸地區衛生業務交流相關資料之蒐集、分析及委
託專案研究事項。
(四) 關於不屬本處其他各科及有關統籌性質之綜合事項。
二、第二科：
(一) 關於臺灣地區與大陸地區涉外業務之審議、協調、聯繫及處理事項
。
(二) 關於臺灣地區與大陸地區涉及蒙藏業務之審議、協調、聯繫及處理
事項。
(三) 關於臺灣地區與大陸地區勞工業務之研擬、審議、協調、聯繫及處
理事項。
(四) 關於臺灣地區與大陸地區退輔業務之研擬、審議、協調、聯繫及處
理事項。
(五) 關於臺灣地區與大陸地區人事行政業務之審議、協調、聯繫及處理
事項。
三、第三科：
(一) 關於對授權處理臺灣地區與大陸地區各項業務交流之中介團體委託
、監督等法制事項。
(二) 關於大陸事務財團法人設立許可及監督等法制事項。
(三) 關於臺灣地區與大陸地區共同防制犯罪業務之研擬、協調、聯繫及
處理事項。
(四) 關於大陸事務之其他法制事項。
四、第四科：
(一) 關於臺灣地區與大陸地區法務業務之研擬、審議、協調、聯繫及處
理事項。
(二) 關於臺灣地區與大陸地區往來法規之研擬、審議及協調事項。
(三) 關於大陸法制問題之研究事項。
(四) 關於本會之其他法制事項。
五、第五科：
(一) 關於臺灣地區與大陸地區內政業務之研擬、審議、協調、聯繫及處
理事項。
(二) 關於臺灣地區與大陸地區國防業務之研擬、審議、協調、聯繫及處
理事項。
(三) 關於臺灣地區與大陸地區社會交流之研擬、審議、協調、聯繫及處
理事項。
(四) 關於臺灣地區與大陸地區海上漁事糾紛及其涉案來臺業務之協調、
聯繫及處理事項。
港澳處分設四科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
(一) 關於本處施政計畫與預算之編擬及執行情形之管制事項。
(二) 關於港澳會報議事、紀錄及決議之追蹤事項。
(三) 關於香港與澳門地區相關業務會議之召開事項。
(四) 關於港澳月報之編印及分發事項。
(五) 關於不屬本處其他各科及有關統籌性質之綜合事項。
二、第二科：
(一) 關於香港與澳門地區民間團體、人士之邀訪及接待事項。
(二) 關於與香港及澳門地區民間團體交流活動之推動事項。
(三) 關於香港與澳門地區大陸政策之宣導事項。
(四) 關於香港與澳門地區同胞來臺定居、就學、投資與其他活動之聯繫
及服務事項。
(五) 關於香港與澳門地區法令規章之彙編事項。
三、第三科：
(一) 關於香港與澳門地區政策之研究及規劃事項。
(二) 關於香港與澳門地區有關事務之專案研究及民意調查委辦事項。
(三) 關於與香港及澳門地區學術研究機構之聯繫事項。
(四) 關於香港與澳門地區情勢、資訊之蒐集、研判及編印事項。
四、第四科：
(一) 關於香港與澳門地區事務與各機關之協調及聯繫事項。
(二) 關於駐香港與澳門地區機構之協調及聯繫事項。
(三) 關於港澳資訊中心之規劃及管理事項。
(四) 關於處理港澳事務民間團體會務發展之輔導事項。
(五) 關於輔導中華港澳之友協會及中華民國港澳協會之會務發展事項。
聯絡處分設四科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
(一) 關於本處施政計畫與預算之編擬及執行情形之管制事項。
(二) 關於大陸事務相關資訊之諮詢及服務事項。
(三) 關於本會與國會之聯繫及服務事項。
(四)關於不屬本處其他各科及有關統籌性質之綜合事項。
二、第二科：
(一) 關於本會之新聞發布、新聞聯繫及記者會安排事項。
(二) 關於國外新聞界人士來會採訪之安排事項。
(三) 關於大陸地區新聞資訊之蒐集事項。
(四) 關於大陸政策輿情之反應事項。
(五) 關於外賓拜會訪問之接待事項。
三、第三科：
(一) 關於大陸政策宣導計畫之研擬事項。
(二) 關於大陸政策教育、宣導活動之規劃、協調及安排事項。
(三) 關於大陸政策宣導資料之編訂事項。
(四) 關於委託民間團體辦理大陸政策宣導之規劃及審核事項。
四、第四科：
(一) 關於旅居國外之大陸地區人民及其團體之聯繫事項。
(二) 關於旅居國外之大陸地區人民及其團體所需大陸事務相關資訊之提
供事項。
(三) 關於旅居國外之大陸地區人民來訪之安排事項。
(四) 關於民間團體辦理旅居國外之大陸地區人民聯繫之協調事項。
秘書處分設五科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
(一) 關於本處施政計畫與預算之編擬及執行情形之管制事項。
(二) 關於委員會議、業務協調會報、主管會報、行政管理會報與擴大業
務會報等重要會議議事及紀錄事項。
(三) 關於本會施政方針、施政計畫及工作報告彙編事項。
(四) 關於重要施政項目、長官交辦案件之追蹤、管制、考核事項。
(五) 關於公文列管、稽催及辦理績效分析填報事項。
(六) 關於立法委員質詢問題之彙復事項。
(七) 關於本會公報之編印及發行事項。
(八) 關於不屬本處其他各科及有關統籌性質之綜合事項。
(九) 關於其他不屬各處、室事項。
二、第二科：
(一) 關於營繕工程、設備、物品與印刷品之估價、招標及採購驗收事項
。
(二) 關於款項出納、票據保管事項。
(三) 關於財產、物品之管理及維護事項。
(四) 關於公務車輛之管理及維護事項。
(五) 關於辦公處所管理及安全事項。
(六) 關於警衛、駕駛、技工、工友之調配、訓練及管理事項。
(七) 其他有關事務工作之處理事項。
三、第三科：
(一) 關於公文收發、繕校事項。
(二) 關於印信之使用、典守事項。
(三) 關於文書行政及公文改革之處理事項。
(四) 關於本會檔案管理事項。
(五) 關於檔案管理技術研究及改進事項。
四、第四科：
(一) 關於資訊相關業務之規劃及推動事項。
(二) 關於電腦作業應用系統之系統分析、系統設計、程式設計及績效評
估事項。
(三) 關於電腦與週邊設備之管理及維護事項。
(四) 關於資料庫管理、作業系統及應用系統之維護事項。
(五) 關於資料之安全及保密措施事項。
五、第五科：
(一) 關於機要公文、密電、信函之處理及保管事項。
(二) 關於文稿之撰擬事項。
(三) 關於首長、副首長每日行程安排事項。
(四) 關於交辦案件之聯繫事項。
人事室分設二科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
(一) 關於本會人事規章之擬訂事項。
(二) 關於本會組織編制、職務列等及歸系之擬辦事項。
(三) 關於本會職員任免、遷調及銓審動態之擬辦事項。
(四) 關於本會人員進用、人才儲備及人力規劃之擬辦事項。
(五) 關於本會人事管理事項。
(六) 其他有關人事行政事項。
二、第二科：
(一) 關於本會職員薪給、待遇、補助費、福利互助、輔建貸款及自強活
動之擬辦事項。
(二) 關於本會職員差假、勤惰、獎懲及考績事項。
(三) 關於本會職員訓練、進修之擬辦事項。
(四) 關於本會職員退休、資遣、撫卹、公保及眷屬疾病保險之擬辦事項
。
(五) 關於本會職員出入境之擬辦事項。
(六) 關於人事資料登記、保管及分析運用事項。
會計室分設二科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
(一) 關於本會預 (概) 算之編製及分配執行事項。
(二) 關於本會財務之內部審核工作執行事項。
(三) 關於本會營繕工程、購置、定製、變賣財物之招標、比價、議價及
訂約、驗收、驗交之會同監辦事項。
(四) 關於本會會計人員之任免、遷調、考績及獎懲之擬議事項。
(五) 其他有關本會歲計、會計等綜合事項。
二、第二科：
(一) 關於本會決算之編製事項。
(二) 關於本會各項會計簿籍之登記及會計報告之編送事項。
(三) 關於本會經費之處理、帳目之核對及公款支付時限查核事項。
(四) 關於本會原始憑證之審核、保管及送審事項。
(五) 關於本會統計表冊格式之擬訂事項。
(六) 關於本會統計資料之蒐集、整理、分析、供應及統計報告之編纂事
項。
(七) 關於本會會計資訊系統處理事項。
政風室掌理事項如左：
一、關於本會政風法令之擬訂、宣導及執行事項。
二、關於本會員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
三、關於本會政風狀況之調查及興革建議事項。
四、關於本會政風督導考核及獎懲建議事項。
五、關於本會公務機密維護法令之擬訂、宣導及執行事項。
六、關於本會資訊保密措施之推動事項。
七、關於本會洩密案件之查處事項。
八、關於本會設施安全維護工作之規劃、協調及推動事項。
九、關於陳情請願事件之協助處理事項。
十、其他有關政風事項。