法政處分設五科，各科掌理事項如左：

一、第一科： (一) 關於本處施政計畫與預算之編擬及執行情形之管制事項。 (二) 關於臺灣地區與大陸地區衛生業務之研擬、審議、協調、聯繫及處 理事項。 (三) 關於臺灣地區與大陸地區衛生業務交流相關資料之蒐集、分析及委 託專案研究事項。 (四) 關於不屬本處其他各科及有關統籌性質之綜合事項。

二、第二科： (一) 關於臺灣地區與大陸地區涉外業務之審議、協調、聯繫及處理事項 。 (二) 關於臺灣地區與大陸地區涉及蒙藏業務之審議、協調、聯繫及處理 事項。 (三) 關於臺灣地區與大陸地區勞工業務之研擬、審議、協調、聯繫及處 理事項。 (四) 關於臺灣地區與大陸地區退輔業務之研擬、審議、協調、聯繫及處 理事項。 (五) 關於臺灣地區與大陸地區人事行政業務之審議、協調、聯繫及處理 事項。

三、第三科： (一) 關於對授權處理臺灣地區與大陸地區各項業務交流之中介團體委託 、監督等法制事項。 (二) 關於大陸事務財團法人設立許可及監督等法制事項。 (三) 關於臺灣地區與大陸地區共同防制犯罪業務之研擬、協調、聯繫及 處理事項。 (四) 關於大陸事務之其他法制事項。

四、第四科： (一) 關於臺灣地區與大陸地區法務業務之研擬、審議、協調、聯繫及處 理事項。 (二) 關於臺灣地區與大陸地區往來法規之研擬、審議及協調事項。 (三) 關於大陸法制問題之研究事項。 (四) 關於本會之其他法制事項。

五、第五科： (一) 關於臺灣地區與大陸地區內政業務之研擬、審議、協調、聯繫及處 理事項。 (二) 關於臺灣地區與大陸地區國防業務之研擬、審議、協調、聯繫及處 理事項。 (三) 關於臺灣地區與大陸地區社會交流之研擬、審議、協調、聯繫及處 理事項。 (四) 關於臺灣地區與大陸地區海上漁事糾紛及其涉案來臺業務之協調、 聯繫及處理事項。