企劃處分設四科，各科掌理事項如左：

一、第一科： (一) 關於本處施政計畫與預算之編擬及執行情形之管制事項。 (二) 關於各機關及省 (市) 政府推動大陸工作之綜合協調、聯繫事項。 (三) 關於大陸工作人才之培訓事項。 (四) 關於不屬本處其他各科及有關統籌性質之綜合事項。

二、第二科： (一) 關於本會專案研究及民意調查之綜合研擬、規劃及協調事項。 (二) 關於輿情及民意調查資料之蒐集及分析事項。 (三) 關於輔導國內外學術團體辦理大陸問題之研究及補助事項。 (四) 關於臺灣地區大陸問題研究機構之聯繫事項。 (五) 關於臺灣地區與大陸地區資源利用、開發之綜合規劃事項。

三、第三科： (一) 關於大陸政策之研究及綜合規劃、協調事項。 (二) 關於大陸情勢資訊之蒐集、研判及出版事項。 (三) 關於各機關大陸工作組織健全方案之研議及推動事項。 (四) 其他有關整體大陸政策之專案規劃事項。

四、第四科： (一) 關於大陸工作資訊體系之規劃及統籌管理事項。 (二) 關於本會出版品統一管理事項。 (三) 關於大陸問題人才檔之蒐集及整理事項。 (四) 關於大陸相關資訊之蒐集及出版事項。 (五) 關於大陸問題研究資料目錄之編印事項。 (六) 關於與國外大陸問題研究機構之聯繫事項。 (七) 其他有關資料蒐集及出版事項。