秘書處分設五科，各科掌理事項如左：

一、第一科： (一) 關於本處施政計畫與預算之編擬及執行情形之管制事項。 (二) 關於委員會議、業務協調會報、主管會報、行政管理會報與擴大業 務會報等重要會議議事及紀錄事項。 (三) 關於本會施政方針、施政計畫及工作報告彙編事項。 (四) 關於重要施政項目、長官交辦案件之追蹤、管制、考核事項。 (五) 關於公文列管、稽催及辦理績效分析填報事項。 (六) 關於立法委員質詢問題之彙復事項。 (七) 關於本會公報之編印及發行事項。 (八) 關於不屬本處其他各科及有關統籌性質之綜合事項。 (九) 關於其他不屬各處、室事項。

二、第二科： (一) 關於營繕工程、設備、物品與印刷品之估價、招標及採購驗收事項 。 (二) 關於款項出納、票據保管事項。 (三) 關於財產、物品之管理及維護事項。 (四) 關於公務車輛之管理及維護事項。 (五) 關於辦公處所管理及安全事項。 (六) 關於警衛、駕駛、技工、工友之調配、訓練及管理事項。 (七) 其他有關事務工作之處理事項。

三、第三科： (一) 關於公文收發、繕校事項。 (二) 關於印信之使用、典守事項。 (三) 關於文書行政及公文改革之處理事項。 (四) 關於本會檔案管理事項。 (五) 關於檔案管理技術研究及改進事項。

四、第四科： (一) 關於資訊相關業務之規劃及推動事項。 (二) 關於電腦作業應用系統之系統分析、系統設計、程式設計及績效評 估事項。 (三) 關於電腦與週邊設備之管理及維護事項。 (四) 關於資料庫管理、作業系統及應用系統之維護事項。 (五) 關於資料之安全及保密措施事項。

五、第五科： (一) 關於機要公文、密電、信函之處理及保管事項。 (二) 關於文稿之撰擬事項。 (三) 關於首長、副首長每日行程安排事項。 (四) 關於交辦案件之聯繫事項。