南方黑鮪作業漁船有下列情形之一者，主管機關依漁船實際出海作業月數 占全年度之比率，核給當年度配額；已核給配額者，按比率收回其配額； 當年度無配額可收回時，自該船下一次許可之年度配額中扣回：

一、主管機關處分收回漁業證照一個月以上。

二、遭外國政府扣押在港內。