本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算 ，下設醫療發展基金、全民健康保險紓困基金、藥害救濟基金、菸害防制 及衛生保健基金、預防接種受害救濟基金、疫苗基金及食品安全保護基金 七個基金，編製附屬單位預算之分預算。