醫療廢棄物清除處理設施於營運前，應取得該設施之所有權及用地使用權 ，並檢具下列營運相關文件送直轄市或縣 (市) 衛生主管機關及設施所在 地之主管機關備查：

一、醫療廢棄物清除處理設施負責人姓名及國民身分證統一編號。

二、處理技術員合格證書、勞保卡及任職證明文件。

三、廢棄物清除、處理設備及工具清冊。

四、清除、處理設施用地相關證明文件 (如土地登記簿謄本、地籍圖謄本 、土地使用清冊、土地使用同意書等) 。

五、有關設施之建築使用執照或許可。

六、處理設施試運轉報告。

七、醫療廢棄物清除處理設施產生之廢棄物處理或最終處置方式說明。

八、其他經衛生主管機關指定之事項。

醫療廢棄物清除處理設施如委託代操作及營運者，除依前項規定辦理外， 並應檢附下列文件：

一、委託代操作機構名稱。

二、委託代操作機構負責人姓名及國民身分證統一編號。