大眾捷運系統主管機關︰在中央為交通部；在直轄市為直轄市政府；在縣 (市) 為縣 (市) 政府。

路網跨越不相隸屬之行政區域者，由各有關直轄市、縣 (市) 政府協議決 定地方主管機關，協議不成者，由交通部指定之。