民用航空運輸業申請包機，應向民航局繳納申請費。國內包機每架次新臺 幣五百元，其自一地起飛至另一地降落為一架次；國際包機每架次新臺幣 二千元，其自外國一地進入中華民國境內降落或自國境內前往外國一地之 起飛為一架次。

民用航空運輸業申請取消已核准之包機，於起飛前報經原核准單位核准者 ，申請費用減半繳納。