業務組設企劃、營運、客戶服務、業務拓展四科，掌理下列事項：

一、商港設施經營管理事項。

二、船舶貨物裝卸承攬業、拖駁船業經營許可事項。

三、港埠業務費項目及費率擬訂計收事項。

四、商港服務費收取事項。

五、有關商港營運發展企劃事項。

六、辦理轉投資業務事項。

七、客戶服務事項。

八、商港法及國際商港棧埠管理規則等法規擬議修訂事項。

九、辦理自由貿易港區業務事項。

十、其他交辦事項。