經營輔導組分設二科辦事，其職掌如下：

一、產業輔導科： (一) 中小企業各功能之輔導體系資源整合協調事項。 (二) 中小企業產銷營運管理輔導措施之擬訂及推動事項。 (三) 中小企業技術應用能力輔導措施之擬訂及推動事項。 (四) 中小企業各類獎項選拔表揚措施之擬訂及推動事項。 (五) 協助中小企業參與政府採購之各服務措施推動事項。

二、地方服務科： (一) 地方性中小企業經濟發展輔導事項。 (二) 互助合作輔導措施之擬訂、推動及協調事項。 (三) 各縣市中小企業服務機構之提供協助事項。 (四) 工商團體之發展及聯繫協調事項。 (五) 中小企業榮譽指導員 (企業服務志工) 制度推動事項。 (六) 中小企業訪問、諮詢服務及聯誼及有關事項。