本處設政策規劃組、經營輔導組、創業育成組、知識資訊組、財務融通組
、秘書室、人事室、政風室及會計室。
政策規劃組分二科辦事，其職掌如下：
一、綜合企劃科：
(一) 發展政策研究規劃事項。
(二) 年度施政計畫研擬事項。
(三) 計畫業務管考事項。
(四) 國會質詢綜合答詢事項。
(五) 政策審議會秘書作業事項。
(六) 產諮會秘書作業事項。
(七) 白皮書編纂事項。
(八) 統計調查研究事項。
(九) 其他綜合業務事項。
二、法務政策科：
(一) 本處主管法規之研究、撰擬及修正事項。
(二) 本處主管及相關法規之蒐集、整理及編纂事項。
(三) 法制業務之協調及聯繫事項。
(四) 法規調適作業事項。
(五) 興利法規研訂事項。
(六) 品質管理系統推動事項。
(七) 工作圈推動、出版品事項。
(八) 為民服務工作規劃事項。
經營輔導組分設二科辦事，其職掌如下：
一、產業輔導科：
(一) 中小企業各功能之輔導體系資源整合協調事項。
(二) 中小企業產銷營運管理輔導措施之擬訂及推動事項。
(三) 中小企業技術應用能力輔導措施之擬訂及推動事項。
(四) 中小企業各類獎項選拔表揚措施之擬訂及推動事項。
(五) 協助中小企業參與政府採購之各服務措施推動事項。
二、地方服務科：
(一) 地方性中小企業經濟發展輔導事項。
(二) 互助合作輔導措施之擬訂、推動及協調事項。
(三) 各縣市中小企業服務機構之提供協助事項。
(四) 工商團體之發展及聯繫協調事項。
(五) 中小企業榮譽指導員 (企業服務志工) 制度推動事項。
(六) 中小企業訪問、諮詢服務及聯誼及有關事項。
創業育成組分二科辦事，其職掌如下：
一、創業促進科：
(一) 中小企業創業諮詢服務事項。
(二) 中小企業創業創新養成學苑事項。
(三) 創業家圓夢坊事項。
(四) 與民間合辦創業創新競賽事項。
(五) 協助中小企業創業創新技術媒合事項。
(六) 參與中小企業國際會議及組織活動事項。
(七) 協助友邦中小企業發展事項。
(八) 推動中小企業國際合作事項。
(九) 外賓接待及參訪安排事項。
二、創新育成科：
(一) 育成中心措施之擬訂事項。
(二) 學校型、法人型、南港、南科育成中心之推動管理及協調事項。
(三) 鼓勵民間設置育成中心之推動管理事項。
(四) 強化中小企業創新育成功能各項工作計畫推動執行事項。
(五) 中小企業訓練發展措施之擬訂事項。
(六) 中小企業人才培訓及輔導專家、輔導服務人員講習訓練事項。
(七) 區域研訓中心之推動管理事項。
(八) 學習護照之推動管理事項。
知識資訊組職掌如下：
一、資訊小組：
(一) 規劃、建置及維護中小企業所需之經營管理資訊事項。
(二) 規劃、建置及維護本處內部行政資訊系統事項。
(三) 規劃、建置及維護本處業務電腦化、辦公室自動化相關事項。
(四) 推動電子化政府相關事項。
(五) 規劃及執行本處人員資訊技術教育訓練事項。
二、資訊應用科：
(一) 輔導中小企業推動電子化工作。
(二) 輔導中小企業推廣應用知識管理工作。
(三) 推動品質提升輔導體系相關事項。
(四) 推動資訊管理輔導體系相關事項。
財務融通組其職掌如下：
一、財務支援科：
(一) 中小企業財務融通措施之擬訂及推動事項。
(二) 中小企業會計制度及財務管理人才培訓事項。
(三) 中小企業信用保證業務督導及協助事項。
(四) 中小企業互助保證業務督導及協助事項。
(五) 中小企業發展基金行政業務事項。
(六) 中小企業創業育成信託投資業務推動事項。
(七) 中小企業開發公司業務督導及協助事項。
(八) 中小企業專案貸款之規劃及推廣事項。
二、馬上解決問題中心：
(一) 推動中小企業融資診斷輔導事項。
(二) 提供中小企業廠商各類諮詢服務事項。
(三) 提供十大輔導體系相關輔導資訊事項。
(四) 各項輔導聯合申請服務窗口事項。
(五) 申請案件追蹤查詢及統計分析事項。
(六) 中小企業融資保證雙軌制業務事項。
(七) 中小企業聯合輔導基金督導及協助事項。
(八) 中小企業財務金融服務團事項。
會計室職掌如下：
一、本處歲出入概算資料之蒐集彙編及預算之編製事項。
二、本處分配預算之編製及控制執行事項。
三、應付歲出款之申請保留及決算之編製事項。
四、本處有關基金會計制度之擬訂及預決算與財務收支審核、編報事項。
五、原始憑證之審核，記帳憑證之編製，會計簿籍之登記及會計報表之編
報事項。
六、本處現金及財務出納保管之檢查事項。
七、採購招標、比價議價、訂約、驗收 (交) 之監辦事項。
八、工作計畫之執行進度與經費配合之審核分析事項。
九、財務上增進效能及減少不經濟支出之建議事項。
十、統計事項。
十一、會計人事事項。
十二、其他有關歲計會計事項。
秘書室職掌如下：
一、公文總收發、繕校及郵件處理事項。
二、印信典守及檔案管理事項。
三、公文稽催及追蹤之處理事項。
四、一般案件之處理事項。
五、處務會報之處理事項。
六、辦公處所及宿舍之管理事項。
七、財產之管理事項。
八、物品之管理事項。
九、車輛之管理事項。
十、工友之管理事項。
十一、集會之管理事項。
十二、安全之管理事項。
十三、出納之管理事項。
十四、事務管理工作之檢核事項。
十五、相關政府採購業務事項。
十六、新聞聯繫及整體政策行銷事項。
十七、圖書管理事項。
十八、其他有關事務之維護及管理事項。
十九、其他臨時交辦事項。
人事室職掌如下：
一、本處組織法規與人事規章及辦事細則等之修正擬議事項。
二、編制及預算員額之研議事項。
三、職員職務歸系及有關事項。
四、職員任免、遷調、獎懲、銓敘、俸給、撫卹、退休之簽擬及登記事項
。
五、職員勤惰及品德之紀錄與出國、訓練、考試、考績 (成) 、績效獎金
之籌辦、簽擬及核轉事項。
六、人事管理之建議、改進及擬辦事項。
七、權責劃分及分層負責之擬辦事項。
八、員工福利之策劃、督導與有關職員津貼、互助及保險等事項。
九、人事資料表件之建立登記保管及上級人事機構交辦事項。
十、其他有關人事相關事項。
政風室職掌如下：
一、本處政風法令之擬定、修正、蒐集及編印事項。
二、本處端正政風及防制貪污工作實施計畫之擬定、推動事項。
三、本處政風法令之宣導、執行及優良政風事蹟表揚事項。
四、本處員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
五、本處防弊措施之研訂、執行及考核事項。
六、本處政風興革建議事項。
七、本處政風考核獎懲建議事項。
八、本處公職人員財產申報事項。
九、本處公務機密維護法令之擬訂、宣導、執行及洩密案件處理事項。
十、本處預防危害破壞事件及協助處理陳情、請願事項。
十一、本處政風人員編制、任免、考績及獎懲之擬議事項。
十二、其他有關政風及交辦事項。