綜合計畫處分設六科，各科掌理事項如左：

一、計畫科： (一) 原子能科技發展政策及方案之規劃、研擬、協調及推動事項。 (二) 原子能科技發展中長程計畫之規劃、彙整、推行及建檔事項。 (三) 年度施政計畫之規劃、編審、聯繫及推行事項。 (四) 國內有關原子能科學機構科技合作之規劃、協調及聯繫事項。 (五) 原子能研究機構設置之規劃及原子能業務財團法人設立許可之審查 、監督、協調及聯繫事項。 (六) 原子能科技專利權讓與及合作事項。 (七) 電腦資訊業務之規劃、推行等統籌事項。 (八) 有關兩岸原子能事務交流之研辦事項。 (九) 其他本會計畫相關事項。

二、管考科： (一) 原子能科技發展中長程計畫、年度施政計畫之管制考核事項。 (二) 行政院院會決定、決議及院長指示有關本會原子能科技之追蹤、管 制事項。 (三) 本會原子能科技重要方案、計畫、會議結論、出國報告及列管案件 之追蹤、管制事項。 (四) 本會原子能科技管制考核制度之研究發展事項。 (五) 本會原子能科技年度工作之考成事項。 (六) 本會原子能科技業務報告、列管案件進度報告之編印事項。 (七) 其他本會管考相關事項。

三、國際事務科： (一) 與國外有關原子能科學機構科技合作之規劃、協調及聯繫事項。 (二) 國際原子能資料之蒐集事項。 (三) 與原子能有關國際人士訪問之統籌聯絡事項。 (四) 國內原子能學者專家出國考察、受訓及參加會議之聯繫及安排事項 。 (五) 與駐外相關單位及本會駐外人員業務之協調及聯繫事項。 (六) 國際原子能會議之規劃、協調及聯繫事項。 (七) 其他本會國際事務相關事項。

四、編制科： (一) 原子能科技人才儲訓之統籌事項。 (二) 原子能科技專業人員訓練之規劃與協調事項。 (三) 原子能展覽之籌劃、輔導及擬辦事項。 (四) 原子能科學教育推廣與輔導之研究及規劃事項。 (五) 有關原子能資訊之溝通及相關研討會之擬辦事項。 (六) 原子能科技資料之彙整及圖書、雜誌等管理事項。 (七) 原子能書刊、出版品之編輯及出版之統籌事項。 (八) 其他編訓相關事項。

五、緊急應變科： (一) 核子設施緊急應變管制規範之蒐集與擬訂事項。 (二) 核子設施緊急應變計畫相關之管制事項。 (三) 與國外核子事故緊急應變計畫機構之技術合作、交流之規劃、協調 及聯繫事項。 (四) 核子事故緊急應變計畫演習及相關人員訓練之督導事項。 (五) 核子事故民眾防護措施規劃之督導事項。 (六) 有關核子設施之核子損害相關業務之協調、聯繫事項。 (七) 其他核子設施緊急應變相關事項。

六、核子保防科： (一) 國際核子保防事務之聯繫、監督及擬辦事項。 (二) 核子保防管制規範之蒐集與擬訂事項。 (三) 核物料保防之監督、管制及視察事項。 (四) 核子保防人員訓練之規劃及研辦事項。 (五) 核能高科技原料及產品輸入、輸出之審核及管制事項。 (六) 其他核子保防相關事項。