本署設下列組、室：

一、綜合規劃組，分三科辦事。

二、防貪組，分三科辦事。

三、肅貪組，分四科辦事。

四、政風業務組，分三科辦事。

五、秘書室，分二科辦事。

六、人事室。

七、主計室。

八、北部地區調查組，分四科辦事。

九、中部地區調查組，分三科辦事。

十、南部地區調查組，分三科辦事。