綜合規劃司掌理事項如下：

一、本部施政計畫之規劃、擬訂及管制考核。

二、本部及所屬機關科技發展、公共建設與社會發展計畫預算之綜整及規 劃。

三、本部及所屬機關績效之評估及考核。

四、本部補助專題研究計畫相關業務。

五、行政院國家科學技術發展基金業務。

六、本部各類科學研究獎項相關作業。

七、科技事務財團法人之設立、許可及督導。

八、科技動員準備方案及科技安全等專案性業務。

九、本部各項獎助、補助業務學術倫理案件之審議。

十、其他有關綜合規劃事項。