本部設下列司、處：

一、綜合規劃司，分五科辦事。

二、自然科學及永續研究發展司，分三科辦事。

三、工程技術研究發展司，分四科辦事。

四、生命科學研究發展司，分三科辦事。

五、人文及社會科學研究發展司，分三科辦事。

六、科教發展及國際合作司，分五科辦事。

七、前瞻及應用科技司，分四科辦事。

八、產學及園區業務司，分四科辦事。

九、秘書處，分五科辦事。

十、人事處，分二科辦事。

十一、政風處。

十二、主計處，分三科辦事。

十三、資訊處，分二科辦事。