保稅倉庫業者有下列情事之一者，海關得依關稅法第八十八條規定，予以 警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰； 處罰三次仍未完成改正者，得停止其三個月以下進儲保稅貨物：

一、未依第九條規定辦理。

二、未依第二十條規定期限申報短溢卸情事。

三、未依第二十七條規定辦理。

四、未依第三十二條第二項規定，憑理機關員簽證並按月列報。

五、未依第三十五條規定辦理檢驗、測試。

六、未依第三十八條規定報明及檢附重整貨物所需內容及文件。

七、未依第四十七條規定向海關申辦保稅貨物之轉儲。

八、未依第五十一條規定辦理帳冊管理。

九、未依第五十二條第一項規定印製表報報請海關驗印備查。