稽查組掌理事項如下：

一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之抽核。

二、各類准單（含轉運、轉口）之列印及核發，轉送機動儀檢組抽核作業 。

三、入出境運輸工具之通關及管理。

四、入出境旅客、航（船）員行李之檢查及通關。

五、轄區內水域、碼頭之巡緝及倉庫之監管。

六、貨棧、貨櫃集散站及保稅倉庫之監管。

七、押運業務。

八、緝私艇之管理及維護。

九、違章及行政救濟案件之處理。

十、其他有關稽查事項。