本局掌理下列事項：

一、軍醫政策及制度之規劃。

二、軍醫人員訓練、考核及經歷之管理。

三、國軍醫院診療作業、人力、獎助之規劃及其經營、管理。

四、國軍醫療保健與研究發展之規劃及督導。

五、國軍衛生勤務與衛材補給之規劃及督導。

六、國軍醫學、衛生勤務教育與訓練之規劃及督導。

七、其他軍醫事項。