主任秘書承總局長、副總局長之命，督導本總局各單位業務，並處理公務 ，其權責如下：

一、關於重大局務之建議事項。

二、關於各單位業務之協調及督導事項。

三、關於各單位文稿之綜核及文書處理之督導事項。

四、關於業務研究發展管制考核之策劃督導事項。

五、關於機要文電處理事項。

六、關於總局長、副總局長交辦事項。