第二大隊掌理事項如下：

一、濫墾、濫伐、濫建、污染水源、盜採砂石等違反水資源保護案件之協 助稽查及取締。

二、機動支援駐在單位稽查、取締之協助。

三、駐在單位廳舍、重要設施及人員之安全維護。

四、其他有關警察勤（業）務執行事項。