本總隊設下列組、中心、室、大隊：

一、航務組，分三科辦事。

二、機務組，分三科辦事。

三、勤務指揮中心，分三科辦事。

四、秘書室。

五、人事室。

六、政風室。

七、主計室。

八、勤務第一大隊，分三隊辦事。

九、勤務第二大隊，分三隊辦事。

十、勤務第三大隊，分三隊辦事。