秘書處分設四科，各科掌理事項如下：

一、第一科：

（一）委員會議、擴大業務會報各項議事與相關資料整備、簽報及記錄。

（二）本會年度施政方針、施政計畫之彙辦、編擬及管制考核。

（三）本會業務追蹤、管制及年終考成作業。

（四）本會施政報告及紀要之撰擬。

（五）本處業務之綜合規劃及協調。

（六）不屬於其他各處、室之事項。

二、第二科：

（一）國會聯繫。

（二）新聞聯繫及發布。

（三）新聞資料之蒐集、整理及簽報。

（四）重要來賓參觀、訪問、拜會之接待。

（五）正副首長辦公事務、交辦案件及機要業務之處理及追蹤。

（六）對外公共關係事項。

（七）本會文宣品之籌製及宣導。

三、第三科：

（一）本會內部之採購。

（二）財產、物品之管理。

（三）辦公廳舍之維護、修繕。

（四）文件資料之印製。

（五）公務車輛維修、調派及管理。

（六）工友之管理及考核。

（七）票據管理、經費出納之辦理。

（八）集會之事務管理。

（九）專案活動之配合執行。

四、第四科：

（一）公文之收發、登記及統計。

（二）公文之稽催及時效管制。

（三）公文及資料之繕校及印製。

（四）印信之典守。

（五）檔案之管理典藏。

（六）檔案之登錄、銷燬及調還。

（七）圖書資料之購置、整理、保管、陳列及借用。