會計室分設二科，各科掌理事項如下：

一、第一科：

（一）單位概算、預算之核編。

（二）預備金及專案經費之申辦。

（三）準備立法院審議預算案報告資料、質詢案件及各項報告之研議撰擬 。

（四）歲入、歲出分配預算相關事項。

（五）會計人員任免、調遷、考核及獎懲案件之擬辦。

（六）增進財務效能之建議。

（七）其他有關歲計事項及綜合業務。

二、第二科：

（一）歲出預算之控制及查核。

（二）歲入、歲出憑證之審核。

（三）付款憑單、傳票之簽發。

（四）帳務登記及憑證之整理、保管及送審。

（五）預算內款項依法流用之登記。

（六）歲出預算保留之申辦。

（七）採購案件及變賣財物之監辦。

（八）會計報告、績效報告及決算編製。

（九）內部審核及會計管理工作之執行。

（十）統計及其他有關會計事項。