本基金之來源如下：

一、自本署設立之環境保護基金，每年至少提撥百分之五支出預算金額， 以補（捐）助款撥入。但該基金無累計賸餘時，不在此限。

二、自本署收取違反環境保護法律之罰鍰收入，每年提撥百分之五撥入。

三、基金孳息。

四、人民、事業或團體之捐助。

五、其他收入。