海域環境監測項目應依污染源類別或海域特性，按下列方式辦理：

一、應監測項目： (一) 海域水文：流速、流向、水溫。 (二) 海域水質：鹽度、氫離子濃度指數 (pH) 、溶氧量 (DO) 、懸浮固 體 (SS) 。 (三) 其他經中央主管機關指定之項目。

二、選擇監測項目： (一) 海域水文：波高、波向、波浪週期。 (二) 海域水質：水中光強度、葉綠素ａ、大腸桿菌群、重金屬、營養鹽 (硝酸鹽、亞硝酸鹽、氨氮、磷酸鹽、矽酸鹽) 。 (三) 海域生物：浮游生物 (動物性浮游生物與植物性浮游生物) 、底棲 生物。