本法所定直轄市、縣（市）主管機關之主管事項如下：

一、直轄市、縣（市）水污染防治計畫之規劃及執行。

二、直轄市、縣（市）水污染防治法規之訂定、審核、釋示及執行。

三、水污染防治費之使用規劃、管理及執行。

四、直轄市、縣（市）水污染防治之研究發展。

五、直轄市、縣（市）水污染防治人員之訓練及管理。

六、直轄市、縣（市）水污染防治之監測及檢驗。

七、直轄市、縣（市）執行水污染防治之調查及統計資料之製作。

八、直轄市、縣（市）水污染防治之宣導。

九、其他有關直轄市、縣（市）水污染防治事項。