本法所定中央主管機關之主管事項如下：

一、全國性水污染防治政策、方案與計畫之訂定、督導及執行。

二、全國性水污染防治法規之訂定、審核、釋示及執行。

三、水污染防治費之徵收、審核、使用規劃及管理。

四、全國性水污染防治之研究發展。

五、全國性水污染防治人員之訓練及管理。

六、直轄市、縣（市）水污染防治業務之督導。

七、全國性水污染防治之監測及檢驗。

八、全國性水污染防治之調查及統計資料之製作。

九、全國性水污染防治之宣導。

十、水污染防治之國際合作及科技交流。

十一、全國性或直轄市、縣（市）間水污染防治之協調或執行。

十二、水污染物及水質水量之檢驗測定機構許可及管理。

十三、其他有關全國性水污染防治事項。