水質保護處分設六科，各科掌理事項如下：

一、第一科： (一) 關於河川、湖庫水質保護政策、方案之擬訂及推動事項。 (二) 關於水質保護法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。 (三) 關於河川、湖庫水質影響調查、監測及水質標準之擬訂事項。 (四) 關於水區及水污染管制區之劃定及總量管制方式之審核事項。 (五) 關於非點源污染防治之規劃及督導事項。 (六) 關於水污染管制區污染行為之管制督導事項。 (七) 關於水體水質保護科技發展及水質模式之研發應用事項。 (八) 不屬於本處其他各科之事項。

二、第二科： (一) 關於廢水污染源管制政策、計畫之擬訂、推動及督導事項。 (二) 關於廢水排放各項許可、專責人員、申報制度之規劃、推動及督導 事項。 (三) 關於廢水污染源之調查與資料之研析及運用事項。 (四) 關於工廠、礦場事業廢水排放管制法規之擬訂、修正、解釋及宣導 事項。 (五) 關於水污染防治費徵收、運用之規劃及督導事項。

三、第三科： (一) 關於污水污染源管制政策及計畫之擬訂、推動及督導事項。 (二) 關於建築物污水處理設施之管理事項。 (三) 關於污水排放各項許可、專責人員、申報制度之規劃、推動及督導 事項。 (四) 關於污水排放管制法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。 (五) 關於污水污染源之調查與資料之研析及運用事項。

四、第四科： (一) 關於海洋保護政策、方案之擬訂及推動事項。 (二) 關於海洋污染之調查、監測與資料之研析及運用事項。 (三) 關於海洋污染防治計畫之規劃、審核、推動、協調及督導事項。 (四) 關於海洋污染防治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。 (五) 關於廢 (污) 水海洋放流之審核及督導事項。 (六) 關於廢棄物投棄海洋之審核及督導事項。

五、第五科： (一) 關於河川流域污染整治專案計畫之擬訂、規劃、審核、宣導、推動 、協調及督導事項。 (二) 關於河川污染整治專案計畫之調查及資料之研析運用事項。 (三) 關於整治專案計畫之廢 (污) 水河川放流之許可、申報及管制督導 事項。

六、第六科： (一) 關於地下水質保護政策、方案之擬訂及推動事項。 (二) 關於地下水污染整治法規之擬訂、修正、解釋及宣導事項。 (三) 關於地下水污染之調查評估、管制、整治復育與財務等措施之規劃 、推動、督導、審核及執行事項。 (四) 關於地盤下陷所致污染防治之策劃、指導及監督事項。