秘書室分設三科，各科掌理事項如下：

一、第一科： (一) 關於公文收發、分辦及繕校事項。 (二) 關於印信典守事項。 (三) 關於本署公報之發行事項。 (四) 關於檔案分類編目事項。 (五) 關於檔案整理事項。 (六) 關於檔案調閱、典藏事項。 (七) 關於檔案資料登錄、統計事項。 (八) 關於檔案清理事項。 (九) 關於檔案業務之整體規劃事項。 (十) 其他有關檔案管理事項。

二、第二科： (一) 關於物品採購及領發事項。 (二) 關於營繕工程事項。 (三) 關於司機、技工、工友之管理事項。 (四) 關於車輛調配使用及管理事項。 (五) 關於辦公廳舍保養及環境衛生事項。 (六) 關於勞工保險事項。 (七) 關於會議場所之佈置及管理事項。 (八) 其他不屬各處、室及本室其他各科之事項。

三、第三科： (一) 關於公有財產、物品之管理及核發事項。 (二) 關於各項財產表冊之編製、盤點及報廢事項。 (三) 關於辦公廳舍及公有財物安全之防護事項。 (四) 關於財物之驗收、登記及保管事項。 (五) 關於經費之出納事項。 (六) 關於票據、有價證券之保管事項。 (七) 關於零用金之處理事項。 (八) 關於員工薪津及實物代金之發放事項。 (九) 關於公庫與銀行往來帳戶之登記事項。 (十) 關於規費之收繳事項。