環境監測及資訊處分設四科，其掌理事項如下：

一、第一科： (一) 關於環境品質監測之策劃、指導及監督事項。 (二) 關於環境品質監測系統之管制及維護事項。 (三) 關於環境品質監測資料之分析、判定、公告及運用事項。 (四) 關於全國性環境品質調查策劃、指導及監督事項。 (五) 關於環境品質警報發布之指導及監督事項。 (六) 不屬於本處其他各科之事項。

二、第二科： (一) 關於全國空氣品質監測系統營運及品保事項。 (二) 關於全國性空氣品質監測系統之規劃及設置事項。 (三) 關於各級環保機關空氣品質監測之督導考核事項。 (四) 關於空氣品質監測資料之處理、分析、運用、發布、公告及保管事 項。 (五) 關於空氣品質監測季報及年報之彙編事項。 (六) 關於空氣品質監測儀器之研究發展及技術引進事項。

三、第三科： (一) 關於本署資訊系統之規劃、分析、設計、程式編撰、測試、維護事 項。 (二) 關於本署資訊系統應用手冊、操作手冊之研訂及彙編事項。 (三) 關於本署區域網路之規劃、設置、操作執行及維護事項。 (四) 關於本署電子計算機、系統程式之建立及更新審核事項。 (五) 關於本署地理資訊系統及「國土資訊系統『環境品質資料庫分組』 」之執行事項。 (六) 關於本署電子郵件及資訊應用系統使用帳號之設立及維護管理事項 。 (七) 關於本署電子處理資料相關管理規定措施之研訂事項。

四、第四科： (一) 關於全國共通性環境保護資訊系統之規劃、協調及推動事項。 (二) 關於直轄市、縣 (市) 環境保護機關資訊作業之輔導及考核事項。 (三) 關於本署個人電腦與週邊設備等軟硬體之統籌規劃、配置及維護事 項。 (四) 關於全國環保資訊網路之規劃、設置、操作執行及維護事項。 (五) 關於環境保護資料庫之設計、規劃、執行及維護事項。 (六) 關於全國環保資訊電子化作業之規劃管理及執行事項。