本署設左列各處、室：

一、綜合計畫處。

二、空氣品質保護及噪音管制處。

三、水質保護處。

四、廢棄物管理處。

五、環境衛生及毒物管理處。

六、管制考核及糾紛處理處。

七、環境監測及資訊處。

八、秘書室。