本署設下列組、室、中心：

一、綜合規劃及職業衛生組，分四科辦事。

二、職業安全組，分四科辦事。

三、職業災害勞工保護組，分三科辦事。

四、秘書室。

五、人事室。

六、政風室。

七、主計室。

八、資訊室。

九、北區職業安全衛生中心，分五科辦事。

十、中區職業安全衛生中心，分五科辦事。

十一、南區職業安全衛生中心，分五科辦事。