主管機關應就遠洋魚貨出口業者，按申請核准時所檢附之業務營運說明書 內容，依附件六風險基準表之評分，區分為高度風險、中度風險、低度風 險三類，除本辦法另有規定外，並依下列規定辦理稽核：

一、高度風險者：每年至少稽核一次。

二、中度風險者：每二年至少稽核一次。

三、低度風險者：每三年至少稽核一次。

遠洋魚貨出口業者最近三年內，平均每年出口附件一所列遠洋漁業漁獲物 或漁產品未逾一百公噸者，主管機關得免進行稽核，不受前項規定之限制 。

遠洋魚貨出口業者經檢舉有涉及從事或支持非法、未報告及不受規範漁撈 作業之交易事項，或其所申請之相關漁獲證明書內容有異常情形時，主管 機關得隨時進行稽核。