本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算 ，以行政院農業委員會（以下簡稱本會）為管理機關，下設下列三個基金 ，編製附屬單位預算之分預算：

一、種苗改良繁殖作業基金：繁殖供應優良種子、種苗及推展改良作業。 以本會種苗改良繁殖場為管理機關。

二、畜產改良作業基金：配合畜產試驗業務，辦理畜禽及飼料作物供應與 繁殖改良作業。以本會畜產試驗所為管理機關。

三、農業生物科技園區作業基金：發展農業生物科技，健全農業科技園區 之設施及服務。以本會所設農業科技園區管理機關為管理機關。