第二組分設三科，各科掌理下列事項： 一、第一科： (一) 農業金融體系業務協調及聯繫。 (二) 全國農業金庫本分支機構之設立、撤銷、廢止、遷移、停業、復業 及清理事項。 (三) 全國農業金庫自動化服務設備之設置、遷移及撤銷事項。 (四) 全國農業金庫管理法令之執行。 (五) 全國農業金庫之管理、監督及輔導事項。 (六) 全國農業金庫業務、財務與人事之考核及公股股權、代表人管理事 項。 (七) 全國農業金庫業務相關人民陳情及建議事項之處理。 (八) 全國農業金庫檢查報告處理、違反農業金融相關法令之取締、處分 與缺失事項改善情形之追蹤及考核。 (九) 全國農業金庫重大及突發缺失事件之處理。 (十) 全國農業金庫對信用部業務輔導、業務與財務查核、資金融通及餘 裕資金轉存管理事項。 (十一) 全國農業金庫對信用部辦理金融評估及績效評鑑管理事項。 (十二) 信用部辦理需經全國農業金庫同意之授信案件管理事項。 (十三) 督導全國農業金庫內部控制及內部稽核制度之實施。 (十四) 農業金融機構與其他金融機構、相關金融事業聯繫、協調、配合 措施之策劃及督導。 (十五) 其他有關全國農業金庫之管理事項。 (十六) 本組綜合性業務之彙辦。

二、第二科： (一) 信用部本分支機構之設立、撤銷、廢止、遷移、停業、復業及清理 等事項。 (二) 信用部自動化服務設備之設置、遷移及撤銷事項。 (三) 信用部業務範圍之核定及調整。 (四) 信用部整頓、合併及金融重建基金存續期間相關事宜之處理。 (五) 信用部管理法令之執行。 (六) 信用部之管理、監督及輔導事項。 (七) 信用部業務、財務及人事之考核。 (八) 直轄市、縣 (市) 政府有關信用部管理事項之督導及聯繫。 (九) 信用部業務相關人民陳情及建議事項之處理。 (十) 信用部與其他部門業務聯繫、配合之策劃及輔導。 (十一) 其他有關信用部之管理事項。

三、第三科： (一) 委託金融檢查機構辦理檢查事項之處理及協調。 (二) 信用部檢查報告處理、違反農業金融相關法令之取締、處分及處理 。 (三) 直轄市、縣 (市) 政府對於信用部檢查報告缺失事項追蹤處理之督 導及聯繫。 (四) 信用部違反法規及缺失事項改善情形之追蹤及考核。 (五) 信用部重大及突發缺失事件之處理。 (六) 督導信用部內部控制及內部稽核制度之實施。 (七) 信用部本分支機構之設立、撤銷、廢止、停業；業務範圍核定及調 整事項之會辦。 (八) 農業金融機構檢查相關資料之蒐集、彙整及分析。 (九) 其他有關檢查事項之處理。