科技處分設三科，各科掌理下列事項：

一、科技行政科： (一) 農業科技相關法規制定、訂定及修正等幕僚作業。 (二) 年度科技計畫先期作業與預算編製之規劃、協調及督導事項。 (三) 會本部年度科技預算之控管。 (四) 本會與所屬機關有關農業科技計畫之管理及督導。 (五) 本會所屬機關與農業科技園區有關科技行政之聯繫、協調及督導。 (六) 農業科技相關行政法人及財團法人之監督事項。 (七) 全國科技動態調查與科技白皮書有關農業科技部分之協調及督導。 (八) 農業科技審議委員會之幕僚作業。 (九) 其他有關農業科技行政事項。

二、研究發展科： (一) 農業科技政策研擬及科技發展策略之規劃。 (二) 農業科技發展中長期計畫與方案之研擬及督導。 (三) 全國科技會議有關農業科技部分之協調、整合及督導考核。 (四) 行政院科技顧問會議有關農業科技部分之協調、整合及督導考核。 (五) 農業科技績效評估與科技機構組織評鑑之策劃、推動及督導。 (六) 前瞻性、跨領域農業科技研發之策劃、推動及督導。 (七) 農業科技產學合作計畫之規劃、協調及督導。 (八) 其他有關農業科技研究發展事項。

三、技術服務科： (一) 農業科技研發成果衍生智慧財產權管理與技術移轉之規劃及督導。 (二) 農業科技研發成果發表、推廣、運用之策劃、推動及督導。 (三) 農業科技人才培訓之策劃、推動及督導。 (四) 農業科技資訊之蒐集、建檔及提供服務。 (五) 其他有關農業科技技術服務事項。