畜牧處分設六科，各科掌理下列事項：

一、動物保護科：

（一）寵物管理政策與法規之擬訂、策劃及督導。

（二）實驗動物人道管理政策之擬訂、策劃及督導。

（三）經濟動物福利政策之擬訂、策劃及督導。

（四）動物收容管理政策與法規之擬訂、策劃及督導。

（五）動物保護政策與法規之擬訂、釋示、聯繫、協調及督導。

（六）動物保護團體之輔導及監督。

（七）動物管制業務之聯繫、協調及督導。

（八）動物保護國際合作、人才交流及訓練事宜之推動。

（九）寵物新興產業管理政策與法規之擬訂、策劃及督導。

（十）其他有關動物保護事項。

二、家畜生產科：

（一）家畜生產政策之聯繫、協調及推動。

（二）家畜產銷計畫之擬訂、審議及督導。

（三）家畜生產科技引進與開發之研議、策劃及督導。

（四）家畜產品試驗研究與品質管制之策劃及督導。

（五）家畜生產所需種畜與相關產品輸出入之策劃及協調。

（六）家畜生產專業區之統籌策劃及督導。

（七）家畜與其產品行銷之策劃及督導。

（八）家畜生產所需資材規格與品質改進之策劃及督導。

（九）家畜生產自動化之研議及推動。

（十）肉品市場經營管理之策劃及督導。

（十一）畜牧生產政策之擬訂、聯繫、協調及會辦。

（十二）畜牧科技計畫之彙整。

（十三）其他有關家畜產銷事項。

三、家禽生產科：

（一）家禽產銷計畫之擬訂、審議及督導。

（二）家禽生產科技引進與開發之研議、策劃及督導。

（三）家禽產品試驗研究與品質管制之策劃及督導。

（四）家禽生產所需種禽與相關產品輸出入之審核及協調。

（五）家禽生產專業區之統籌策劃及督導。

（六）家禽與其產品運銷之策劃及督導。

（七）家禽生產所需資材規格與品質改進之策劃及督導。

（八）家禽生產自動化之研議及推動。

（九）家禽產品行銷及通路之建立。

（十）畜牧團體之督導及協調。

（十一）其他有關家禽產銷事項。

四、污染防治科：

（一）畜牧污染防治計畫及法規之擬訂。

（二）畜牧場設置污染防治設施之督導。

（三）畜牧污染防治技術開發與試驗研究之策劃及督導。

（四）畜牧生產專業區設置污染防治設施及辦理環境影響評估之督導等事 項。

（五）畜牧再生資源再生利用之輔導及推廣。

（六）畜牧污染防治器材之開發、引進及管理。

（七）畜牧污染糾紛鑑定及協調事項。

（八）重要畜牧工程之研擬及配合事項。

（九）禽畜糞堆肥場營運管理與輔導之策劃及督導。

（十）其他有關畜牧污染防治事項。

五、牧場管理科：

（一）畜牧法與其子法規之擬訂、修訂業務會辦及釋示事項。

（二）畜牧場登記管理政策之擬訂、策劃及督導。

（三）農業用地容許作畜牧設施使用法規與案件之策劃及督導。

（四）飼料管理政策與法規之擬訂、釋示、聯繫、協調及督導。

（五）飼料與飼料添加物製造及輸入登記案件之處理。

（六）飼料與飼料添加物查驗、取締及進口飼料之追蹤查核。

（七）飼料與飼料添加物之供需調節及產銷輔導與調查。

（八）牧草與其資源開發利用之研議、策劃及督導。

（九）畜牧類農情、生產成本調查、物價查報、災害查報及救助。

（十）畜牧國際合作、人才交流及訓練事宜之推動。

（十一）家畜保險業務法規與計畫之擬訂、執行及督導。

（十二）其他有關畜牧場、飼料管理及畜牧農情調查等事項。

六、食品加工科：

（一）畜產品加工之研究發展策劃及督導。

（二）優良農產品標誌之策劃及推動。

（三）農產食品衛生之聯繫及協調。

（四）食品加工技術人員培訓與食品加工產業先進技術之研究發展及推動 。

（五）關於食品加工廠設備、技術標準與管理規則之擬議及配合。

（六）農畜產食品技術國際交流及合作事項。

（七）本會食品工業研究發展會報業務之策劃及推動。

（八）有機畜禽產品管理事項。

（九）其他有關食品加工事項。