會計室分設三科，各科掌理下列事項：

一、帳務科： (一) 本會公務預算收支與分錄轉帳傳票及付款憑單編製。 (二) 本會月報表之編製。 (三) 本會單位決算之編製。 (四) 本會歲出應付款保留之審核、申請及分配預算之編製。 (五) 行政院電子中心會計資訊系統之維護及溝通聯繫。 (六) 中美基金預決算之籌編及各項會計業務之處理。 (七) 農業特別收入基金預決算之審核彙編及各項會計業務之處理。 (八) 農業作業基金預決算之審核彙編及各項會計業務之處理。 (九) 農業特別收入基金及農業作業基金審計部抽查報告之彙復。 (十) 其他臨時交辦事項。

二、歲計科： (一) 本會單位與主管概、預算之編製及所屬單位概、預算之審核。 (二) 本會與所屬單位分配預算之編製及審核。 (三) 所屬單位月報之審核及彙編。 (四) 所屬單位決算報告之審核及主管決算之彙編。 (五) 立法院審查預決算模擬資料之提供及溝通聯繫。 (六) 所屬單位預 (決) 算執行問題之會核。 (七) 公文之收發及檔案管理。 (八) 綜合性其他臨時交辦事項。

三、稽核科： (一) 本會各項補助、委辦計畫經費之審核、撥款與保留及執行情形查核 。 (二) 本會主管計畫經費處理相關作業規定之擬訂及解釋。 (三) 本會各項補助、委辦計畫執行機關帳務之查核及輔導。 (四) 本會單位預算各項業務經費之審核與預算控制及本會各項採購作業 之監辦。 (五) 農產品受進口損害救助基金預 (決) 算之籌編及各項會計業務之處 理。 (六) 審計部抽查各項計畫抽查報告之處理。 (七) 本會主管農業財團法人與各農田水利會預決算之審核及監督。 (八) 本會歷年由農建計畫經費設立之週轉金業務之管理。 (九) 本會及所屬機關會計人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬辦。 (十) 其他有關會計業務之處理。