秘書室分設五科，各科掌理下列事項：

一、公共關係科：

（一）立法院、監察院等機關之聯絡及協調事項。

（二）立法院、監察院等機關議事資訊與建言之蒐集分析及彙辦。

（三）立法院、監察院等機關關係文書之擬復及查核。

（四）農業法案及預算案立法程序之協調。

（五）立法院總質詢資料彙編及協調。

（六）其他有關國會聯絡事項。

（七）本會新聞之發布及聯絡。

（八）媒體與記者之聯繫及協助採訪。

（九）農業新聞與輿情資料之蒐集及分析。

（十）農業資料照片、幻燈片之蒐集、拍攝及建檔運用。

二、研究考核科：

（一）上級機關指示及交辦事項之列管追蹤。

（二）監察院糾正、調查案件之列管追蹤。

（三）本會委員會議、主管會報等重要會議之議事事項及會議決定、決議 事項之列管追蹤。

（四）本會各項災害防救業務之彙整及列管追蹤。

（五）本會工程查核小組運作事項。

（六）本會提升為民服務品質業務之列管追蹤及考核。

（七）本會自行研究發展計畫之彙整及管考。

（八）本會出國人員報告之稽催及評核。

（九）本會公文稽催及管制。

（十）本會公報及中文年報之編輯及發行。

（十一）本會每月重要措施辦理情形之彙陳及成果彙編。

（十二）有關農業圖書相關事項。

（十三）其他有關研考事項。

三、事務科：

（一）營繕工程、物品器材、圖書文具與報表之採購、印製、分發及保管 。

（二）辦公廳舍及財產之管理。

（三）車輛、油脂、車庫之管理調配及電話、水電之保養維護。

（四）辦公廳舍安全維護及警衛勤務執行之監督。

（五）技工、駕駛及工友之管理。

四、文書科：

（一）文書收發分配、繕校及檔案管理。

（二）印信典守事項。

（三）文書及檔案管理系統維護事項。

（四）公文檔案影像掃描及資料儲存事項。

（五）公文電子傳送及交換事項。

五、出納科：

（一）款項、票據與有價證券之收支、登記及保管。

（二）經費收繳及收支款項報表之編製。

（三）員工薪津及各項所得之發放。

（四）公款結匯及代扣款項彙辦。

（五）各類所得資料彙整、申報稅款繳交及扣繳憑單填發事項。