本所設下列各研究中心：

一、六龜研究中心。

二、蓮華池研究中心。

三、中埔研究中心。

四、太麻里研究中心。

五、恒春研究中心。

六、福山研究中心。

前項研究中心各置主任一人，其餘所需員額，由本所編制員額內派充之。