藥劑生違反本辦法之規定者，依藥事法及藥師法之規定處罰；其再次違反 或情節重大者，並得撤銷其執業執照。必要時，得由中央主管機關廢止其 藥劑生證書，其兼領有藥師證書者，一併廢止其藥師證書。

藥劑生之懲戒，適用藥師懲戒及懲戒覆審委員會設置審議辦法之規定。