本署設下列組、室：

一、企劃組，分四科辦事。

二、癌症防治組，分三科辦事。

三、慢性疾病防治組，分三科辦事。

四、婦幼健康組，分四科辦事。

五、社區健康組，分四科辦事。

六、健康教育及菸害防制組，分四科辦事。

七、監測研究組，分二科辦事。

八、秘書室。

九、人事室。

十、政風室。

十一、主計室。