新興傳染病整備組掌理事項如下：

一、新興傳染病防治政策之規劃及推動。

二、生物病原災害應變整備政策之規劃及推動。

三、防疫物資整備政策之規劃及推動。

四、傳染病防治醫療網之規劃及推動。

五、新興傳染病之研究發展。

六、其他有關新興傳染病整備事項。