慢性傳染病組掌理事項如下：

一、愛滋病與結核病防治政策之規劃及推動。

二、愛滋病與結核病疫情之研判及處理。

三、漢生病防治政策之規劃及推動。

四、性傳染病防治政策之規劃及推動。

五、慢性傳染病之研究發展。

六、其他有關慢性傳染病防治事項。