企劃組掌理事項如下：

一、傳染病防治相關法制、訴願及國家賠償。

二、傳染病防治政策與科技發展之規劃及考核。

三、防疫人員教育訓練之規劃及推動。

四、國際與兩岸防疫技術合作之規劃及推動。

五、其他有關企劃事項。