本署設下列組、室、中心：

一、企劃組，分四科辦事。

二、感染管制及生物安全組，分三科辦事。

三、急性傳染病組，分四科辦事。

四、慢性傳染病組，分三科辦事。

五、新興傳染病整備組，分三科辦事。

六、檢疫組，分二科辦事。

七、疫情中心，分四科辦事。

八、檢驗及疫苗研製中心，分六科辦事。

九、秘書室，分二科辦事。

十、人事室，分二科辦事。

十一、政風室。

十二、主計室，分二科辦事。

十三、資訊室。

十四、臺北區管制中心，分二科辦事。

十五、北區管制中心，分二科辦事。

十六、中區管制中心，分二科辦事。

十七、南區管制中心，分二科辦事。

十八、高屏區管制中心，分二科辦事。

十九、東區管制中心。