臺北、北、中、南、高屏及東區管制中心，掌理事項如下：

一、國際港埠衛生安全小組之運作、入出境之檢疫及港區衛生之監測管理 。

二、預防接種之簽證與疫苗儲存處理、檢疫規費之徵收及檢疫憑證之簽發 。

三、各區傳染病之監測管理、傳染病防治醫療網之運作及天然災害有關之 防疫業務。

四、防疫物資之儲備及管理。

五、其他有關區管制中心事項。