本署設下列組、室：

一、企劃組，分四科辦事。

二、承保組，分四科辦事 三、財務組，分三科辦事。

四、醫務管理組，分五科辦事。

五、醫審及藥材組，分四科辦事。

六、資訊組，分六科辦事。

七、秘書室，分三科辦事。

八、人事室，分四科辦事。

九、政風室。

十、主計室，分五科辦事。

十一、臺北業務組，分十二科辦事。

十二、北區業務組，分八科辦事。

十三、中區業務組，分九科辦事。

十四、南區業務組，分九科辦事。

十五、高屏業務組，分九科辦事。

十六、東區業務組，分四科辦事。